Bažnyčia[1], statyta XV a. pabaigoje, užėmė pačią plačiausią šiaurinę bernardinų sklypo dalį, tačiau ir joje vos išsiteko – šiaurinė siena mūryta ant pilies fosos krašto, vakarinės sienos pamatai – žemutinėje terasoje, keliais metrais žemiau už aplinkines teritorijas. Statybos metu ir dar šimtmetį po to – tai buvo didžiausias Kauno miesto pastatas, sujungtas tarsi iš dviejų skirtingų dalių: stambaus masyvaus pagrindinio tūrio ir reljefiškos ažūriškos presbiterijos. Ilgą laiką buvo manoma, kad šie tūriai buvo statyti skirtingu laiku, bet kol kas jokių duomenų, patvirtinančių tokią versiją nėra. Paaiškinti tokį skirtumą galima gotikinio stiliaus ypatybėmis, kai nebuvo svarbu laikytis ritmo ar griežtos simetrijos ir architekto – mūrininko, suprojektavusio ir stačiusio šį ansamblį, meistriškumu – sugebėjimu reaguoti į aplinką.
Architektūrinių tyrimų metu nustatyta, kad išorinis bažnyčios vaizdas iki šių dienų yra nedaug pakitęs – išlikusi planinė struktūra, išorinės sienos, kontraforsai, langų angos, įėjimų vietos. XVII a. (1603 m., 1624 m. ir 1668 m.) gaisrų metu negrįžtamai pasikeitė pastato stogas ir interjeras. Istorinėje medžiagoje rašoma ir natūroje pasitvirtino, kad pirmojo gaisro metu griuvo bažnyčios stogas, skliautai, kolonos. Vos spėjus atstatyti, antrasis gaisras vėl sunaikino dalį pastato. Griuvo dalis jau atstatytų kolonų, pagrindinio tūrio skliautai, stogas.
XVII a. rekonstrukcijų metu iš esmės buvo pakeista stogo konstrukcija ir forma, panaikintas laiptuotas vakarinis frontonas, permūryti langų angokraščiai. Daugiausiai keitėsi interjeras. Iki pirmojo gaisro viduje bažnyčia buvo gerokai aukštesnė – pastogėje virš dabartinių skliautų rasti pirmųjų skliautų pėdsakai. Sienos netinkuotos, lygios, dažytos kalkių pienu. Spėjama, kad pirmosios kolonos buvo aštuoniakampės – analogiškos Vilniaus bernardinų bažnyčios kolonoms. Atstatant po gaisrų sumūrytos tvirtesnės kvadratinės kolonos, pažeminti skliautai, šoninės sienos sustiprintos piliastrais. Pakeista triumfo arkos forma – iš smailiaarkės profiliuotų plytų į pusapskritimę. Bažnyčios ir presbiterijos jungtyje po grindimis rasti pirmosios triumfo arkos pamatai. Panaudojant po gaisrų dar išlikusias profilines plytas permūryti langų angokraščiai ir masverkai. Užmūryta vakarinio, dėl savo nepatogios padėties nenaudojamo, portalo anga.
Statybos metu, XV a. pabaigoje, bendroje bažnyčios ir vienuolyno sienoje buvo įrengtos klausyklos (rasti 6 klausyklų pėdsakai). Tai buvo nedideli kambarėliai sienoje. Durys į juos yra iš buvusios vienuolyno galerijos, o bažnyčios pusėje klausyklas žymi pusės plytos gylio niša su nedidele stačiakampe anga. Pirmosios bažnyčios grindys buvo apie 80 cm. žemiau dabartinių, todėl minėta klausyklos anga su įtaisytomis medinėmis grotomis buvo kaip tik atsiklaupusio žmogaus aukštyje.
Pietinės sienos viduryje rasta iki XVII a. rekonstrukcijų buvusi sakyklos vieta. Patenkama į ją per duris iš vienuolyno galerijos. Antrojo aukšto lygyje matomi kelių buvusių angų fragmentai. Kokiu tikslu jos buvo įrengtos ir naudojamos – kol kas lieka neaišku, nes detalesnių tyrimų negalima atlikti dėl XVIII a. šioje sienoje įrengtų stacijų. Atstatant ansamblį po gaisrų, visos klausyklos ir pietinės sienos angos užmūrytos. Vakarinėje sienos pusėje vienos klausyklos vietoje įrengtos durys į vienuolyno koridorių.
XVII a. pradžioje po visa presbiterija ir bažnyčios grindimis buvo pradėtos mūryti laidojimo kriptos. Presbiterijoje rasti 8 skliautais dengti mūriniai rūseliai. Pagal inventorių yra žinoma, kad po bažnyčios grindimis turėtų būti dar 14 kriptų. Dalis presbiterijoje esančių kriptų turi laiptus, uždengiamus akmenine plokšte. Istorinėje medžiagoje rašoma, kad šiuose rūseliuose buvo laidojamos turtingų miestiečių šeimos. Tik viena presbiterijoje esanti kripta skirta brolių laidojimui. Į ją patenkama iš vienuolyno koridoriaus po grindimis įrengtais laiptais.
Pietiniame presbiterijos ir bažnyčios susijungimo kampe yra sumūryta vienintelė laiptinė į bažnyčios pastogę. Šiuo metu laiptai yra išlikę tik nuo antro aukšto. Laiptinės dalis tarp pirmojo ir antrojo aukštų buvo nuardyta po XVII a. gaisrų. Siena išlyginta ir nutinkuota. Ant jos nutapytas optinis šv. Pranciškaus Asyžiečio altorius. Polichrominių tyrimų metu rasti gana prastai išsilaikę tapybos fragmentai.
Atlikus būtiniausius pastato tvarkymo ir atnaujinimo darbus, XVII a. antroje pusėje pradėti interjero puošybos darbai. Būtent šiuo metu sukurti ir pastatyti dabar bažnyčioje stovintys altoriai: centrinis, šoninis šv. Onos ir 6 altoriai prie kolonų. Visi altoriai buvo dažyti juodai, detalės sidabruotos ir auksuotos. Prie centrinės navos ant antros kolonos įrengta sakykla.
Tų pačių XVII a. rekonstrukcijų metu buvo tvarkomas ir nedidelis koplyčios priestatas, buvęs ties šiaurinės sienos viduriu. Šioje koplyčioje, statytoje XVIa, ilgą laiką buvo stebuklais garsėjęs Švč. Mergelės Marijos paveikslas, nutapytas Čenstakavos pavyzdžiu. Manoma, kad XVIII a. paveikslas buvo perkeltas į Didįjį altorių, o XIX a. pabaigoje į šoninį šv. Onos altorių. Spėjama, kad antrojo pasaulinio karo metu, šis paveikslas buvo išimtas, ir norint jį apsaugoti, paslėptas. 1978 m. surastas, 1992 m. identifikuotas, restauruotas ir 2013 m. grąžintas į šv. Jurgio Kankinio bažnyčią.
XVIII a. prie vakarinės bažnyčios sienos pastatytas mūrinis vargonų balkonas, prie jo medinės galerijos ir bokšteliai. Laipteliai į balkoną įrengti bendroje vienuolyno ir bažnyčios sienoje, išardant buvusias klausyklas. Įrenginėjant balkoną, buvo pertvarkytas šiaurinės sienos vakarinis portalas. Išorėje dar yra išlikęs dešinysis gotikinio portalo angokraštis.
XVIII a. po gaisrų atnaujintoje bažnyčioje toliau tęsėsi interjero puošybos darbai. Amžiaus viduryje buvo užmūryta langų apačia. Ant naujo mūro nutapyti Kryžiaus kelio stočių paveikslai. Taip pat ant drobės nutapyti 28 paveikslai, vaizdavę bernardinų šventuosius ir kankinius. Šie atvaizdai sumontuoti brolių stalėse, stovėjusiose palei šonines presbiterijos sienas. Triumfo arkos šonuose sukurti ir pastatyti du nauji mediniai altoriai, savo stilistika išsiskiriantys iš bendros interjero įrangos visumos ir primenantys Vilniaus bernardinų bažnyčioje esančius altorius.
XVIII a. sutvarkyta ir išpuošta bažnyčia išstovėjo iki 1812 metų. Karo ir pokario metu buvo nusiaubta ir išplėšta. 1842 m. vienuolynas panaikintas, o 1864 m. visą ansamblį perėmė kunigų seminarija. Iki antro pasaulinio karo buvo atlikti dideli remonto darbai: presbiterijoje sumūryti nauji langų masverkai; prie šoninio įėjimo pastatytas naujas priestatas; atnaujintas interjeras: perdažytos sienos, skliautai, altoriai, bažnyčioje įrengtos naujos teracinės grindys.
1953 m. bažnyčia buvo antrą kartą uždaryta. Pastate įrengus vaistų sandėlį užmūryti langai, nuardyti prie triumfo arkos stovėję altoriai, nuo likusių altorių nurinktos medinės skulptūros, išnešti paveikslai.
Asta Prikockienė