Bažnyčia[1] yra svarbiausia jėzuitų ansamblio dalis, tiek urbanistiškai, tiek funkciškai sujungianti iš abiejų jos pusių esančius vienuolyno ir gimnazijos pastatus. Pagrindiniu šiauriniu fasadu bažnyčia įjungta į Rotušės aikštės išklotinę ir yra viena iš svarbiausių aikštės dominančių. Statybos, remontų, atstatymų po įvykusių gaisrų metu Šv. Pranciškaus Ksavero bažnyčia susiformavo, kaip trinavė bazilika. Pagrindinės navos tūris pabaigiamas presbiterija su pusapskrite apsida. Abiejose presbiterijos pusėse – pagalbinės patalpos. Šiaurinėje dalyje abipus įėjimo simetriškai iškilę bokštai. Toks bažnyčios tūris susiformavo 1688-1751 metų laikotarpyje. Po to vyko įvairūs remonto, apdailos darbai, neturėję didesnės įtakos bažnyčios tūrinei erdvinei struktūrai.
Bažnyčios statyba prasidėjo 1666 m. Tradiciškai pirmoji statoma bažnyčios dalis buvo presbitrija. Pagrindinis tūris ir bokštai iškilo gerokai vėliau. 1699 m. rugpjūčio 15 d. kunigas jau laikė progines, iškilmingas ordino tikėjimo išpažinimo mišias dar nebaigtoje bažnyčioje, tiksliau presbiterijoje, nes centrinės navos sienos, bokštai, frontonas dar nebuvo pradėti mūryti.[2]
1722 m. gruodžio 3 d. bažnyčia buvo konsekruota, laikytos pirmosios mišios. Tačiau 1732 m. kilęs gaisras sunaikino kolegiją su oficinom, mokyklą, stogą virš bažnyčios, varpus bokštuose, langus.[3] Jėzuitų kronikose rašoma, kad 1737 m. suremontuotas ir uždengtas vienas bokštas. Darbai prie kito bokšto baigti tik 1751 m. Ši data yra svarbi bažnyčios eksterjerui. Būtent tada buvo suformuota dabartinės bažnyčios išorė. Darbai persikėlė į vidų: buvo statomi altoriai, klojamos grindys, ruošiami gipso lipdiniai, paveikslai. 1762 m. visi bažnyčios statybos ir apdailos darbai buvo baigti.
1773 m. dėl jėzuitų įtakos nepatenkintų Europos valdovų reikalavimų ir politinių intrigų jėzuitų ordinas buvo uždarytas. Bažnyčia 1797 m. perėjo pranciškonų vienuoliams. 1812 m. buvo išplėšta ir padegta, po to ilgai stovėjo apleista ir nenaudojama. 1825 m. valstybės lėšomis vyko bažnyčios kapitalinis remontas.[4] 1844 m. – 1915 m. viduje pertvarkyta bažnyčia naudojama kaip cerkvė. 1923 m. grąžinta jėzuitų ordinui. 1945 m. jėzuitų ordino veikla buvo dar kartą uždrausta. Bažnyčia paversta sporto sale. 1990 metais jau trečią kartą sugrįžo į jėzuitų ir tikinčiųjų rankas.
Kadangi buvo statoma jau stovinčių gyvenamųjų namų vietoje, tikėtina, jog bažnyčios pamatuose ir pirmo aukšto sienose galima rasti XV-XVI a. mūro. Natūroje turėtų būti išlikę ir 1732 m. gaisro ir atstatymo po jo ženklų. Visgi, sisteminai architektūrinai natūros tyrimai šioje bažnyčioje kol kas nėra atlikti. Archeologo Aleksandro Vaškelio surinktoje istorinėje medžiagoje smulkiai aprašyta visa bažnyčios statybos eiga. Abejoti šiais duomenimis nėra jokio pagrindo, tačiau atsiradus galimybei, būtų tikslinga juos patvirtinti natūros tyrimais.
Asta Prikockienė